《陈航除三害》讲述现代程序员陈航意外穿越至古代，醒来便背负“乡里三害”的恶名。面对村民的唾弃与官府的追捕，他决心用现代知识改写命运。第一害是横行乡里的恶霸，陈航设计机关陷阱，联合受害百姓将其制服；第二害是贪得无厌的县官，他巧用账本漏洞与舆论压力，逼其认罪伏法；第三害则是连年蝗灾与旱情，他引入简易水利与除虫之法，保住庄稼。过程中，陈航结识了侠女阿月与落魄书生李墨，三人结伴同行。然而，真正的幕后黑手——地方豪强与朝中权贵，开始对他展开疯狂报复。陈航凭借编程思维拆解困局，用化学知识制造火药、用物理原理改进农具，一次次化险为夷。最终，他不仅除掉真正危害百姓的三害，更带领乡亲开荒修路、兴办工坊，走出一条古代科技兴农之路。昔日人人喊打的“祸害”，成了百姓口中的“陈青天”。