明治维新后第十年，日本步入新时代，但东京却弥漫着不祥的气息。恶德实业家武田观柳暗中操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，并公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，企图建立自己的罪恶帝国。曾经令人闻风丧胆的刽子手拔刀斋——绯村剑心，如今手持逆刃刀，立誓不再杀人，独自流浪。在神谷道场，他遇见了善良坚强的神谷薰，并结识了相乐左之助等伙伴。当武田观柳的魔爪伸向神谷道场，剑心不得不再次握紧刀柄，与伙伴们一同对抗强敌。面对过去的罪孽与眼前的战斗，剑心在守护与赎罪之间挣扎。逆刃刀下，他能否斩断黑暗，迎来真正的黎明？