《武装少女马基雅维利主义》讲述热爱自由的高中生纳村不道转学至爱地共生学园。这所学校实行由武装女生对男生进行冷血支配的独特制度，男生被彻底压制。纳村刚入学，就被统率学园的“天下五剑”之一、使用鹿岛神传直心影流的鬼瓦轮盯上，并被列为肃清对象。面对强敌，纳村凭借天生战斗本能与不屈意志展开反击。随着与五剑成员逐一交手，他逐渐卷入学园权力核心的激烈对决。作品以学园战斗为舞台，融合剑术、策略与角色间复杂关系，展现武装少女们奉行的马基雅维利主义——为达目的不择手段的冷酷规则。纳村在反抗中探寻自由与生存之道，同时揭开学园制度背后的真相。