《鹡鸰女神第二季》延续第一季的剧情，围绕“鹡鸰计划”展开。2020年，新东帝都成为巨大实验场，108羽鹡鸰与她们的苇牙必须通过战斗决出最后一人。平凡少年佐桥皆人偶然与鹡鸰少女结相遇并缔结契约，从此被卷入这场命运之战。第二季中，皆人身边聚集了更多鹡鸰，包括傲娇的月海、神秘的草野、活泼的松等。她们各自怀揣不同心愿，却因皆人而逐渐团结。与此同时，其他苇牙与鹡鸰的挑战接踵而至，战斗愈发激烈。本季深入刻画角色内心，展现鹡鸰与苇牙之间的羁绊。皆人不再只是旁观者，而是决心保护所有伙伴。剧情在热血战斗与日常搞笑间切换，同时揭开鹡鸰计划背后的阴谋。最终，皆人与结等人的关系更加牢固，为后续神话般的恋爱战记埋下伏笔。